音乐学系（Musicology Department），是沈阳音乐学院音乐理论教学单位。其研究基础发轫于1939年在延安鲁迅艺术学院成立的“民歌研究会”，1941年改称“中国民间音乐研究会”，1950年改称东北鲁艺“音乐研究室”。此后，历经“民族民间音乐教研室”、“民族民间音乐研究室”、“音乐研究所”等若干阶段。1999年10月，音乐学系正式成立，采取系所合一建制，于2000年12月，学院举行“音乐学系暨音乐研究所授牌仪式”，并在原有基础上开始招收学术型硕士研究生。
多年来，音乐学系坚持立德树人，提高人才培养质量，以教学为基础，以科研为先导，形成了涵盖本科生（五年制、四年制）、硕士研究生（三年制）两个层次的教育教学体系。音乐学系现有“音乐与舞蹈学”和“艺术学理论”两个一级学科目录下的“音乐学”和“艺术史论”两个专业方向，设有民族音乐理论、中国音乐史、西方音乐史和艺术史论四个教研室。在学院深入推进综合改革的进程中，音乐学系的发展定位是：培养具有艺术评论能力、学术研究能力、理论教学能力、文化传播能力以及实践能力的专业化音乐艺术人才；在继续保持中国传统音乐理论、中国音乐史、西方音乐史基础学科优势的前提下，深化“艺术史论”专业课程的内涵建设，彰显“教学—研究”型的系科特质。
音乐学系拥有一支学历层次高、教学与科研能力强的师资队伍。音乐学系现有专任教师15人，其中，副教授以上高级职称者占教师总数80%，拥有博士学位的教师占80%，有海外留学经历的教师占25%。在课程设置上，开设专业主干课、专业基础课及选修课等28门，还负责全院各专业学生的音乐基础理论课程教学。教师屡获学术奖项，如“辽宁省哲学社会科学成果奖”、“辽宁文艺评论奖”、“华乐杯优秀音乐论文奖”等学术奖项，在学院的理论建设和科研工作中发挥了领军作用。在几代学人历时半个多世纪的实践与探索中，音乐学系积累了丰厚的教学经验与科研成果，培养了许多优秀的音乐理论人才，为国家和地方音乐文化建设和教育事业做出了积极的贡献。多年来，音乐学专业教师先后出版了多种理论专著，如《秦腔音乐》（安波1950）、《东蒙民歌选》（安波、许直1952）、《单鼓音乐》（东北音专民间音乐组1957）、《东北大秧歌》（杨久盛1981）、《东北二人转音乐》（冯娴1985）、《东北现代音乐史》（凌瑞兰1998）、《民歌新论》（冯志莲2003）、《二人转音乐概论》（李玉珍2005）、《霍树棠与奉派东北大鼓》（李玉珍、冯志莲、商树利等2008）、《汉族民歌简明教程》（冯志莲2017）、《满汉融合背景下的岫岩太平鼓“烧香”仪式音乐研究》（冯志莲2019）、《文本·角色·寓意——威尔第歌剧<奥赛罗>解读》（董蓉2018）等；先后发表了一大批以东北区域音乐文化研究为主的学术论文，如《中国民间音乐研究提纲》（吕骥1948）、《我对文艺与劳动生产相结合的意见》（向隅1958）、《东北民歌中的劳动歌曲和小调》（杜素琴1983）、《东北抗联歌曲述要》（凌瑞兰1986）、《试论满族音乐的三大文化圈》（凌瑞兰1996）、《〈江河水〉一曲的由来与发展》（杨久盛2002）、《祭祀礼仪中的“人生价值观”》（李玉珍2003）、《岫岩祭祖仪式用乐特征及其渊源》（冯志莲2017）等。近十年来，音乐学系先后有“西方音乐史与赏析”、“中国民族民间音乐”两门课程被辽宁省教育厅评定为省级精品课程，教材《民歌新论》被评定为省级精品教材，“中国传统音乐理论”“西方音乐史”等7门课程获评辽宁省一流本科课程。教师获得“享受国务院政府特殊津贴专家”、“辽宁省教学名师”、“辽宁省高校优秀青年骨干教师”、“辽宁省高校杰出青年学者成长计划”等多种荣誉和奖励。于2014年、2018年被评为“辽宁省本科重点建设专业·综合改革试点专业”、“辽宁省普通高等学校首批一流本科教育示范专业”，2020年获批“国家级一流本科专业建设点”。
音乐学系重视国内外学术交流并强化艺术实践活动。多年来，音乐学系举办和承办了许多大型学术会议，如“全国民族音乐学第三次年会”（1984年）、“对我国音乐民族化的回顾与思考研讨会”（1990年）、“东北大鼓演唱会暨学术研讨会”（2006年）、“第四届西方音乐史年会”（2013年）、“美在白山黑水间——东北地区‘非遗’展演暨学术论坛”（2014年）、第四届“中国传统音乐教学与学科建设研讨会”（2015年）、“中国传统音乐学会第二十届年会”（2018年）等。教师经常参加国内外学术活动，或应邀到中央音乐学院、中国音乐学院、南京艺术学院、台湾台南艺术大学等兄弟院校讲学，产生了良好的社会影响。音乐学系继承鲁艺“教学与实践相结合”的优良传统，积极建设教学与科研基地，开展“非遗进校园”、田野采风与社会调查等实践活动，分别于2015年在瓦房店市成立了“沈阳音乐学院传统音乐教学实践基地”，2016年在岫岩满族自治县成立了“沈阳音乐学院教学实践基地”，2018年协助学院建立了“东北音乐创新实验室”，2019年在沈阳六一学校成立了“沈阳音乐学院教学实践基地”，同时，还曾承接了国家文化部指派的辽宁省“中国非遗传承人群研培项目”，在高校为地方服务，传承优秀传统音乐文化等方面发挥了积极作用。
目前，音乐学系根据省委、省政府关于高校教育发展新要求，深入贯彻落实党的二十大精神，一方面充分发扬鲁艺“根植民族”的优良传统，积极发挥地域优势，进一步加强对东北地区音乐文化资源的挖掘、整理与研究，加强省级综合改革试点专业建设，着力打造具有影响力的国家级特色专业。另一方面，秉承鲁艺优良传统，以深厚的人文情怀和社会责任感积极培养与引进优秀人才，强化教学改革与人才培养的创新体系，不断提高教学质量与科研水平，为推进学院“双一流”建设贡献力量，为早日实现“高水平、有特色、国际化一流音乐院校”的目标而努力奋斗。